El juez Juan Carlos Peinado, ha sido el encargado de abrir diligencias contra Begoña Gómez, esposa del presidente del Gobierno, Pedro Sánchez, a partir de una denuncia de Manos Limpias en la que se le acusa de tráfico de influencias y corrupción por supuestas ayudas a empresas privadas. Peinado ha abierto diligencias previas contra Gómez sin haber consultado con la Fiscalía y ha decidido declarar el secreto de la causa.
El magistrado, titular del Juzgado de Primera Instancia número 41 de Madrid, ha sido profesor en la Universidad Complutense de la capital, fue noticia tras imputar a una docena de periodistas de ocho medios de comunicación por una supuesta revelación de secretos relacionados con el sumario de los Comités de Defensa de la República, CDR, si bien la investigación no pasó de los estadios iniciales.
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Otras causas por las que es conocida su labor como juez fueron las de otra denuncia del pseudosincidato contra varios ediles del Ayuntamiento de Madrid por unos mensajes ofensivos en X (antes Twitter) y por una investigación contra el exfutbolista del Real Madrid Raúl González Blanco por gestiones de una de sus empresas, así como por el caso de las grabaciones de los directivos de El Corte Inglés en las que se detectaron presuntas irregularidades, un caso que Peinado archivó y ahora se encuentra recurrido ante el Tribunal Constitucional.