Los ejecutivos tecnológicos tienen promocionó durante mucho tiempo el potencial de sus modelos de IA para acelerar el ritmo de los descubrimientos biológicos. La semana pasada anunciaron uno. En un anuncio del 23 de septiembre, Anthropic afirmó que su modelo de lenguaje grande Claude había identificado un sistema enzimático con propiedades “que recuerdan a Crispr”, la herramienta de edición de genes ganadora del Premio Nobel.
Según Anthropic, alrededor de 950 agentes de Claude trabajando simultáneamente encontraron secuencias genéticas interesantes en 21,5 horas. “Felicito sinceramente a Anthropic por contarle al mundo su descubrimiento”, dice Fyodor Urnov, experto en edición de genes de la Universidad de California, Berkeley y director de I+D terapéutico de su Instituto de Genómica Innovadora. (IGI está colaborando con Anthropic, pero no participó en el nuevo descubrimiento).
Otros científicos están menos entusiasmados con el hallazgo, que es el primero que surge de un grupo de investigación formado por Anthropic a principios de este año. “Los experimentos todavía están en cola. Las relaciones públicas ya están activas”, dice Le Cong, profesor de la Universidad de Stanford centrado en la integración de la IA en la investigación de ingeniería genómica.
Anthropic, que ha creado un laboratorio húmedo para el descubrimiento de fármacos, ha dejado claro que el hallazgo no es el final de su trabajo. (“Aún no entendemos qué hace este sistema”, dijo la compañía en una publicación X, “pero sólo un puñado de sistemas conocidos comparten sus características, y todos ellos son capaces de cortar, copiar y pegar ADN”). Se incluyó un experimento físico en un informe técnico, que no ha sido revisado por pares. Sin embargo, queda mucho por hacer para determinar la importancia de este descubrimiento. Aún se desconoce si este sistema enzimático puede usarse como herramienta de edición de genes y, de ser así, si es una herramienta de edición de genes útil.
“Digamos que estamos en la playa de Santa Mónica y tratamos de explorar toda la arena para encontrar un diamante”, dice Cong. “La IA encontró algo que parece muy brillante, y luego hay que volver al laboratorio para saber: ¿es vidrio? ¿Es un diamante?”.
Claude encontró este objeto brillante después de que los investigadores de Anthropic lo impulsaran a buscar en enormes bases de datos genómicas “nuevos ejemplos interesantes” de transcriptasas inversas, proteínas que copian el ARN en el ADN. Esto es lo opuesto al proceso normal en nuestras células, en el que el ADN se transcribe en ARN, pero otros organismos lo utilizan en una variedad de funciones biológicas, incluida la inserción de segmentos de ADN.
Los agentes de Claude identificaron inicialmente más de 200.000 posibles transcriptasas inversas, según Anthropic, y, después de seleccionar varios miles que parecían ser nuevos, redujeron aún más el alcance y finalmente encontraron una familia de transcriptasas inversas “inusual” que contenía una larga región de secuencias repetidas de ADN que se parecen a Crispr. Anthropic llama a este sistema ART, abreviatura de transcriptasas inversas asociadas a matrices. El sistema se encuentra en fagos gigantes, virus grandes que infectan bacterias.
“Puedo ver a simple vista una matriz de repetición en tándem… ¡¿Es una matriz de repetición similar a Crispr?!” escribió un agente de IA. El agente también reconoció que este sistema podría ser un retron, tal y como se señala en el informe técnico. Crispr y retrons son sistemas inmunológicos bacterianos y, si bien los retrons tienen cierta utilidad en la edición de genes, no son la misma herramienta múltiple que es Crispr. Por lo tanto, no es demasiado sorprendente que la publicación del blog de Anthropic resaltara la comparación de Crispr.
Seth Shipman, investigador asociado de los Institutos Gladstone, no cree que lo que Anthropic encontró sea un nuevo sistema Crispr, pero dice que el descubrimiento sigue siendo interesante. “Lo novedoso es cómo lo encontraron, no qué es”, afirma. Su laboratorio ha utilizado retrones para crear sistemas de edición de genes, por lo que es posible utilizar retrones de esta manera.