A mediados de los años 1990, yo era un estudiante de posgrado en la Universidad de São Paulo y trabajaba con proteínas EF-hand, que son proteínas reguladoras de la unión de calcio y/o magnesio caracterizadas por dos hélices α (E y F). Quería entender qué aminoácidos en la sitio de unión de la proteína determinar su afinidad y especificidad hacia esos iones.1
En su laboratorio de la Universidad de East Anglia, la bioquímica Tharin Blumenschein estudia las interacciones que permiten que una proteína Clamidia para modificar el citoesqueleto de la célula huésped.
Raquel Smith
Para explorar esta cuestión, transformé secuencias EF-hand mutadas en bacterias utilizando plásmidos para obtener mayores cantidades de plásmidos para mis experimentos de expresión de proteínas.
Un día, me estaba preparando para purificar los plásmidos de los cultivos bacterianos. Como en ese entonces no teníamos kits para aislar estos fragmentos circulares de ADN, tuve que preparar todas las soluciones del protocolo, incluida una que utiliza hidróxido de sodio para abrir las células bacterianas. Después de lisar las bacterias, agregué cloruro de cesio (CsCl) y bromuro de etidio (EtBr) a mis lisados bacterianos. El CsCl crea un gradiente que separa el ADN plasmídico después de la centrifugación a alta velocidad.
Cuando terminó el tiempo de centrifugación, me dirigí al equipo con jeringas para recolectar el ADN plasmídico de los tubos. Una vez que saqué los tubos y busqué bandas de ADN teñidas con EtBr, me sorprendió no ver ninguna banda.
Intrigado, repetí el proceso de purificación, pero no funcionó. Después de confirmar que no me había saltado ningún paso del protocolo, decidí volver a hacer mis cálculos para todas las soluciones. ¡Fue entonces cuando me di cuenta de que había añadido diez veces más hidróxido de sodio para lisar mis bacterias!
Tras superar mi decepción inicial por el error, repetí el protocolo con la nueva solución de lisis y, he aquí, pude obtener el ADN plasmídico que necesitaba.
Esta experiencia reforzó la importancia de comprobar dos veces los cálculos antes de seguir adelante con un experimento. También me enseñó una propiedad interesante del hidróxido de sodio, que puede descomponer las moléculas de ADN cuando se utiliza en cantidades excesivas.
Esta entrevista ha sido condensada y editada para mayor claridad.
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