En 2014, los investigadores combinaron códigos de barras de ADN con secuenciación de próxima generación (NGS) para desarrollar la tecnología de secuenciación de códigos de barras de virus adenoasociados (AAV) para agilizar la detección de AAV. Con este método, los científicos pueden comparar directamente el rendimiento de diferentes AAV simultáneamente en un solo animal.
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(1) Para rastrear la expresión de un genoma de AAV específico en un conjunto, los investigadores agregan un par único de pequeños códigos de barras que consisten en unos pocos nucleótidos a la secuencia de AAV. Cada genoma viral también contiene dos repeticiones terminales invertidas (ITR) flanqueantes que encierran los siguientes genes: un gen rep, que es necesario para la replicación y el empaquetado del genoma viral; un gen cap, que es necesario para la expresión de proteínas de la cápside; y una señal de poliadenilación (pA), que asegura el procesamiento y la estabilidad adecuados del producto de ARNm. (2) Luego, los científicos mezclan los diferentes AAV con códigos de barras para formar un grupo o biblioteca de AAV. (3) Los investigadores inyectan la mezcla de AAV en un modelo vivo, como un ratón. Los diferentes AAV transducirán o infectarán los tejidos de los animales. (4) Los científicos recolectan los tejidos de interés y extraen ADN de las diferentes células. (5) El ADN viral de los diferentes AAV se amplifica y se prepara para NGS. (6) Los investigadores analizan los datos de NGS para estudiar patrones de expresión del ADN viral, que pueden identificar AAV que tienen un trofismo para ciertos tejidos y, por lo tanto, pueden servir como mejores vehículos de administración de genes cuando se dirigen a ese tejido específico. |
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